Pixel Tactics — это тактический бой один на один для двух игроков. У каждого игрока есть идентичная колода из 25 карт, из которой они выбирают лидера. Способности лидера сильно меняют стратегию и игровые возможности любой другой карты в колоде, делая игру доступной 25 различными способами.

В игре игроки по очереди раскладывают карты и атакуют. Каждая карта может активироваться по-разному, приобретая наступательные способности в передних рядах отряда или поддерживая силы в задних рядах. Карты также можно разыгрывать как приказы — мощные одноразовые эффекты, способные переломить ход битвы.

Игра продолжается до тех пор, пока лидер одного из игроков не будет побежден. Типичная игра состоит из трех или пяти раундов.

В Mega Man Pixel Tactics: Blue представлены 28 персонажей из Mega Man 1–3, в том числе Mega Man, Dr. Light и Robot Masters, и эти персонажи совместимы со всеми другими играми Pixel Tactics.